El Programa de Protección Vegetal desarrolla investigaciones en búsqueda de preservar la sanidad vegetal de los sistemas agrícolas, para disminuir las pérdidas económicas que ocasionan las plagas en los diferentes cultivos.

En el CEPALC, se cuenta con colonias madres de plagas en estudio para realizar investigación a nivel de laboratorio.

Se desarrollan bioensayos así como trabajos en campo en búsqueda de la identificación de estrategias de manejo de los patógenos en estudio